يعود تاريخ إنشاء جامعة الحاج لخضر بباتنة الى شهر سبتمبر 1977، حيث تأسست بموجب المرسوم رقم 77-91 المؤرخ في 03 رجب 1397 ه الموافق لـ 20 جوان 1977 م كمركز جامعي، ويضم معهدين احداهما للعلوم القانونية والثاني للغة والأدب العربي ، وقد كانت المزرعة القديمة بالمنطقة الصناعية اول هيكل انطلقت فيه الدراسة الجامعية بالولاية.
وسرعان ما شهد المركز تطورا نوعيا في الهياكل البيداغوجية، حيث في سنة 1978 تم اعتماد معهدي البيولوجيا و العلوم الدقيقة والتكنولوجيا، واتخذا من المستشفى العتيق مقرا لهما.
وفي سنة 1979 تدعم المركز الجامعي بمتوسطة تم فيها استقبال معهدي العلوم القانونية واللغة و الأدب العربي إضافة الى فتح معهد جديد للعلوم الاقتصادية واستمرت وتيرة التطوير بحركة متسارعة، حيث تم استغلال مركز التكوين الإداري بعد ادخال التهييئات اللازمة ليكون مقرا لمعهد الفلاحة سنة 1984م.